您现在的位置是:网站>>技术服务>>昂飞affymetrix小鼠基因芯片服务技术服务

浙江省内第一台Affymetrix基因芯片系统。凭借浙江加州国际纳米研究院雄厚的科研实力,丰富的服务经验积累,严格的试验建立了全球标准化的操作规程,涵盖芯片实验所需要 的所有工作,实现开放性的芯片实验及生物信息学等系列技术服务平台,竭诚为国内外各高等院校、医院、生物科技公司的课题研究,提供全方位芯片技术服务。

本芯片的型号为Mouse430 2.0,总共有4.5万个转录本,有3.4万个有良好注释的基因。

客户只需要提供组织、细胞、即可,从提RNA到纯化、质检、芯片杂交扫描及分析,我们都会为您完成。
a样品寄送,组织块建议用干冰或液氮运输;细胞建议放在trizol中4度或干冰运输都可。RNA最好溶解在RNase free的水中干冰运输(如果路程小于30分钟,可以直接放普通冰上运输)
(送样要求:RNA实验只需要200ng的总RNA即可,浓度不低于70ng/ul, 考虑到QC以及重复需要,希望提供10ul以上的总RNA。260/280希望在1.8-2.2之间。260/230最好在2.0以上,尽量不低于1.0)
b RNA提取与质检,我们采用最先进的Agilent bioanalyzer跑电泳。(下图为DNA电泳模拟图,RNA原理同DNA)

电泳结果如下图:18S,28S的比值,5S的区域,浓度以及模拟电泳图

c 芯片杂交与洗涤

判断芯片是否成功的一些知识:

1. -  四条边明暗交替模式、拐角棋盘模式
    -  左上角芯片名称清晰
2.背景平均值(Average Background)和噪音值(Noise Values)
典型的背景平均值范围在 20 到 100 之间。
来源于相同扫描仪应该有可比较的噪音值。
结果显示在.rpt 文件中。  
3)   Poly-A Controls: lys,phe,thr,dap
Poly-A  RNA  Controls  用来监控全程的标记过程.  lys,phe,thr,dap  的  3’端都应该表达
(Detection 为 P)。结果显示在.rpt 文件中。
4)   杂交对照:bioB,bioC,bioD,and cre
bioB,bioC,bioD 代表 E.coli.生物素合成通路中的基因。bioC,bioD,and cre 应该总是检测到
并以递增的信号强度表达,来反映它们相对的浓度。结果显示在.rpt 文件中。
5)   内参照基因 Sig(3’/5’)比值检测
对于大多数的表达芯片,ß-Actin 和 GAPDH 两个基因被用来评估样品制备的质量。二者
探针组的 3’/5’比值至少一个小于 3。ß-Actin 和 GAPDH 的 3’/5’比值显示在.rpt 文件中。
6)   总体基因的表达率不能低于 20%。
7)   RNA, cRNA QC 电泳图  符合质控要求


d 数据分析
信号通路分析

信号通路网络分析


聚类分析

浙公网安备 33069902000260号

<友情连结> 金华施比龙 天香苑 裕豐生技 Tim Yang @ctqmumu同学