您现在的位置是:网站>>技术服务>>de novo基因组测序及分析技术服务

 

de novo基因组测序及分析

de novo测序(也叫从头测序),是指不用任何参考序列而对某个物种进行测序,用生物信息学方法进行组装,最终获得该物种的基因组序列图谱。

目前,全基因组测序已逐步成为各个物种基础研究的重要手段之一。通过基于新一代高通量测序技术的全基因组测序,可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制。 在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面,可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等;在研究细菌进化方面,可以研究种内进化关系;合理利用有益真菌,对控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要意义。 在大型动植物领域,更是对该物种的进化研究,基因改良育种有重大的作用。

一、技术路线

二、技术指标

本指标具体根据所分析的物种可能会有变化,请与当地销售代表联系

三、生物信息分析

结合客户需求,提供定制化信息分析服务。

四、相关案例

图1 图a为装配基因测序深度的分布;图b为装配基因与BAC文库的对比。

图2 图a为物种直系同源基因的维恩图;图b为将人、熊猫和狗的染色体同线的位于同一条染色体上。

 

五、常见问题

1. 第二代测序技术与传统Sanger测序相比有什么优势?

答:第二代测序技术的测序通量是传统Sanger法的上万倍,并且可以进行长片段双末端测序,将测序数据拼接成较长的Contig和Scaffold。 与Scaffold法相比,具有高通量、高灵敏度、高准确性、低成本和耗时短等多个突出优势。如人类基因组测序是六个国家耗资27亿多美元历经10年才完成的, 而如今利用第二代测序技术平台,只需几个月就可以完成。

2. 测序的实验周期是多久?

答:根据具体基因组大小和复杂程度来确定完成时间,一般地从获得样品到高通量测序完成,细菌等小基因组需要1-2个月,其他基因组需要2-6个月。

3. DNA样品的送样要求如何?

答:DNA样品总量不小于10μg,浓度≥200ng/μl,OD260/280比值在1.8-2.0之间,样品浓度越高越好。请填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起用干冰或蓝冰运输。

4. 是否需要生物学重复?重复几次?

答:是的,至少需要两次生物学重复,3次以上的生物学重复更好。2011年7月Hansen发表的文章表明生物学差异是基因自身表达的特性, 与检测技术的选择以及数据处理的方式无关。如果不设生物学重复,高影响因子的杂志可能会因此而拒稿。

5. 如何检测基因组组装的准确性?

答:目前,主要可以通过以下几种方法来检验基因组组装的准确性。(1) 通过构建BAC或Fosmid文库,并进行常规测序,将所得序列与拼接好的Contigs作比对以判断基因组组装的准确率。 (2)将已知的基因序列与拼接好的Scaffold作比对,查看两者是否吻合,吻合度越高,表明基因组组装越好。而且已知的基因序列越多,评价结果越可靠。 (3)估计组装后基因组的单碱基准确度,利用新一代测序技术,如果95%以上的基因组单碱基覆盖度超过20×,则认为该基因组的单碱基准确度较高。

6. 如何避免基因组中的重复序列造成的组装错误?

答:应用新一代高通量测序技术,构建200bp、500 bp、2 Kb、6 Kb、10 Kb、20 Kb等不同大小的DNA测序文库,进行双末端海量测序,可以避免基因组中的重复序列造成的错拼。 当测序数据量达到基因组大小的60倍以上时,即可保证基因组的完整性和序列中单碱基的准确性。

 

六、相关文献

1. Li R, Fan W, Tian G, Zhu H, et al. The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature 2010 Jan 21; 463:311-17. Epub 2009 Dec 13.

2. Nan Qin, Wenchao Ding, Jian Yao, et al. Genome Sequence of Staphylococcus capitis QN1, Which Causes Infective Endocarditis. J. Bacteriol. 2012, 194(16):4469. DOI: 10.1128/JB.00827-12.

3. Hansen?MB,?Verdurmen WP,?Leunissen EH,?et al. A modular and noncovalent transduction system for leucine-zipper-tagged proteins. Chembiochem.?2011?Oct 17;12(15):2294-7.

 

 

浙公网安备 33069902000260号

<友情连结> 金华施比龙 天香苑 裕豐生技 Tim Yang @ctqmumu同学