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测序与重测序 :
Illumina Genome Analyzer系统都是当今世界上最先进、最经济的平台,本中心可测定的整个基因组的序列和基因组上一个大片断候选区域的序列。

SNP发现、筛选:
SNP(single nucleotide polymophism/是单核苷酸多态性)是发生在基因组序列中由单个碱基的变化引起的一种DNA序列变化,本中心利用高准确度的DNA测序技术提供以下SNP发现、筛选服务:

  1. 高通量的SNP 发现服务;高通量质谱对已知SNP位点进行大规模筛选; 
  2. 提供SNP筛选、确定新的SNP位点和发生频率统计比较等一系列服务 。

基因表达测序:
通过对样本中数以百万计的cDNA标签同时进行序列测定,可对整个转录组进行数字化的分析;同时在无需事先知道基因组的注释情况下,可进行全基因组转录子的发掘与定量分析。

小RNA鉴定与定量分析:
本中心可提供适用于各个物种的小RNA深度鉴定与定量分析研究。通过大量的平行测序,可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱。

测序流程

 
 

Illumina/Solexa公司的基因组测序仪是根据目前最新一代的测序技术研制而成的测序仪,该技术可在一张芯片获取1G的碱基数据,每个样品提供大约2百万个序列标签,超过了过去一台Megabace测序仪近百倍的工作量,并且大大的降低了成本。对长片段质粒及基因组测序及重测序找出突变点并进行SNP分析;提供数字化基因表达图谱、small RNA表达图谱及全基因组甲基化图谱分析。

Illumina/Solexa公司测序技术为广大用户提供了强大的下一代测序方法,为目前遗传分析和功能基因组等热门研究领域的部分热门课题提出了全新的应用方案。如需进一步了解,请访问http://www.illumina.com.cn/productsSolexa.asp


 

测序与重测序 :

  1. 将待测序的DNA进行纯化,并保证DNA的完整性,且OD 260/280的比值在1.8-2.0之间;
  2. 取1-10 µg符合上述要求的DNA采用超声破碎的方法随机打断DNA,保证DNA片段主要集中在800 bp以下,产物要通过预实验的电泳检测,确定产物片段大小;
  3. 将超声破碎后的DNA样品纯化(建议采用QAIquick PCR Purification kit),50 µl EB洗脱,-20℃保存。

SNP发现、筛选:

  1. 总DNA浓度大于103拷贝/μl,保证在103-105拷贝/μl,提供足够使用的DNA;
  2. 提供有关样品来源及DNA提取详细信息(本中心可另行提供DNA提取服务);

基因表达测序:

由于RNA样品的特殊性,除非样品总量的非常受限,我们在实验进行之前将对客户提供的RNA样品进行质量检测,如果样品未通过质量监控,我们将在芯片杂交之前通知客户,并按照总费用的10%收取费用。
品质优良的RNA样本是实验成功的重要因素,因此我们要求客户在送样品之前首先要对该RNA样品进行质量监测,同时我们也将用Agilent BioAnalyzer 2100仪器检测RNA的纯度和完整性。

①.RNA质量控制标准介绍:

  1. OD260 / OD280在1.9-2.1之间;
  2. 电泳28S条带亮度与18S条带亮度的比值大于1.8;
  3. Bioannalyzer分析RNA完整性数据(RIN)大于9.0;
  4. 无基因组DNA污染。
    RNA样品在符合上述要求后,还必须避免含有蛋白、其它细胞器、以及许多分离方法中使用的有机溶剂(如苯酚或乙醇)和盐。
    另:RNA的抽提方法有很多种,Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不错的方法。我们希望任何按照TRIZOL方法抽提得到的RNA最后都能经过RNeasy柱纯化。如因样品未经RNeasy纯化而导致实验失败,我们不负任何责任。

②.RNA样品数量要求:
将5-10 µg符合要求的总RNA样品稀释于50-100 µl无RNase的超纯水中,-20℃保存。

小RNA鉴定与定量分析:

客户只需提供实验最初需要的总RNA即可,而总RNA可以通过许多分离方法得到, Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不错的方法。 RNA质量控制与 转录组学分析的标准相同(见上)。 我们建议客户在送样品之前首先用1%琼脂糖凝胶和EB染色的方法检测RNA的质量,并采用安捷伦公司2100生物检测仪(Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer)检测总RNA的完整性;同时客户将样品送来后,我们也将首先用该生物检测仪对RNA进行质量控制,每个样品的检测费用为30美元。

RNA质量控制标准及RNA数量要求同“基因表达测序”。

浙公网安备 33069902000260号

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